MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter cetorum MIT 99-5656 plasmid pHCD

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017736	AAG	2	6	110	115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747021
2	NC_017736	GCG	2	6	144	149	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386747021
3	NC_017736	TA	3	6	167	172	50 %	50 %	0 %	0 %	386747021
4	NC_017736	ATTTA	2	10	203	212	40 %	60 %	0 %	0 %	386747021
5	NC_017736	TGT	2	6	297	302	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
6	NC_017736	A	6	6	312	317	100 %	0 %	0 %	0 %	386747021
7	NC_017736	GAT	2	6	320	325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747021
8	NC_017736	TTA	2	6	354	359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747021
9	NC_017736	ACT	2	6	429	434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747021
10	NC_017736	T	8	8	524	531	0 %	100 %	0 %	0 %	386747021
11	NC_017736	CCT	2	6	549	554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386747021
12	NC_017736	ATTTT	2	10	561	570	20 %	80 %	0 %	0 %	386747021
13	NC_017736	T	6	6	632	637	0 %	100 %	0 %	0 %	386747021
14	NC_017736	TGA	2	6	882	887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747021
15	NC_017736	CGTT	2	8	987	994	0 %	50 %	25 %	25 %	386747021
16	NC_017736	ATT	2	6	1019	1024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747021
17	NC_017736	TTG	2	6	1130	1135	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
18	NC_017736	ACTAC	2	10	1140	1149	40 %	20 %	0 %	40 %	386747021
19	NC_017736	T	7	7	1245	1251	0 %	100 %	0 %	0 %	386747021
20	NC_017736	TTG	2	6	1262	1267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
21	NC_017736	A	7	7	1304	1310	100 %	0 %	0 %	0 %	386747021
22	NC_017736	ATA	2	6	1431	1436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747022
23	NC_017736	T	7	7	1458	1464	0 %	100 %	0 %	0 %	386747022
24	NC_017736	CAA	2	6	1513	1518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747022
25	NC_017736	TAG	2	6	1581	1586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747022
26	NC_017736	CCA	2	6	1631	1636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386747022
27	NC_017736	GTTAGT	2	12	1640	1651	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386747022
28	NC_017736	GTTA	2	8	1654	1661	25 %	50 %	25 %	0 %	386747022
29	NC_017736	TAG	2	6	1678	1683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747022
30	NC_017736	ACA	2	6	1696	1701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747022
31	NC_017736	AT	3	6	1804	1809	50 %	50 %	0 %	0 %	386747022
32	NC_017736	AAC	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747023
33	NC_017736	CAAA	3	12	2301	2312	75 %	0 %	0 %	25 %	386747024
34	NC_017736	TTA	2	6	2317	2322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747024
35	NC_017736	A	7	7	2377	2383	100 %	0 %	0 %	0 %	386747024
36	NC_017736	CT	3	6	2411	2416	0 %	50 %	0 %	50 %	386747024
37	NC_017736	TAA	2	6	2471	2476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747024
38	NC_017736	AAATC	2	10	2516	2525	60 %	20 %	0 %	20 %	386747024
39	NC_017736	TAA	2	6	2543	2548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747024
40	NC_017736	CAAT	2	8	2594	2601	50 %	25 %	0 %	25 %	386747024
41	NC_017736	AAC	2	6	2605	2610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747024
42	NC_017736	GTTA	2	8	2625	2632	25 %	50 %	25 %	0 %	386747024
43	NC_017736	GGTGAT	2	12	2659	2670	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386747025
44	NC_017736	ATTA	2	8	2677	2684	50 %	50 %	0 %	0 %	386747025
45	NC_017736	CTAA	2	8	2743	2750	50 %	25 %	0 %	25 %	386747025
46	NC_017736	CT	4	8	2761	2768	0 %	50 %	0 %	50 %	386747025
47	NC_017736	TGA	2	6	2823	2828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747025
48	NC_017736	CTTA	2	8	2868	2875	25 %	50 %	0 %	25 %	386747025
49	NC_017736	ACA	2	6	2897	2902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
50	NC_017736	AC	3	6	2916	2921	50 %	0 %	0 %	50 %	386747025
51	NC_017736	TTGAT	2	10	2963	2972	20 %	60 %	20 %	0 %	386747025
52	NC_017736	ACA	3	9	3099	3107	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
53	NC_017736	CAT	2	6	3210	3215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
54	NC_017736	T	6	6	3219	3224	0 %	100 %	0 %	0 %	386747025
55	NC_017736	CAAGG	2	10	3253	3262	40 %	0 %	40 %	20 %	386747025
56	NC_017736	TAC	2	6	3319	3324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
57	NC_017736	GA	3	6	3383	3388	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
58	NC_017736	AAT	2	6	3406	3411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747025
59	NC_017736	ACAA	2	8	3482	3489	75 %	0 %	0 %	25 %	386747025
60	NC_017736	CTA	2	6	3492	3497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
61	NC_017736	AG	3	6	3532	3537	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
62	NC_017736	CAA	2	6	3571	3576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
63	NC_017736	ACA	2	6	3582	3587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
64	NC_017736	TCA	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
65	NC_017736	CAAGGA	2	12	3739	3750	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386747025
66	NC_017736	AGAA	2	8	3765	3772	75 %	0 %	25 %	0 %	386747025
67	NC_017736	AAC	2	6	3806	3811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
68	NC_017736	AAG	2	6	3909	3914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747025
69	NC_017736	TAC	2	6	3945	3950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
70	NC_017736	CAG	2	6	4023	4028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386747025
71	NC_017736	AG	3	6	4087	4092	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
72	NC_017736	AC	3	6	4112	4117	50 %	0 %	0 %	50 %	386747025
73	NC_017736	ACT	2	6	4123	4128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
74	NC_017736	AG	4	8	4156	4163	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
75	NC_017736	AGAA	2	8	4197	4204	75 %	0 %	25 %	0 %	386747025
76	NC_017736	ACAG	2	8	4315	4322	50 %	0 %	25 %	25 %	386747025
77	NC_017736	AAC	2	6	4339	4344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
78	NC_017736	CTT	2	6	4452	4457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386747025
79	NC_017736	AG	3	6	4504	4509	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
80	NC_017736	AAC	2	6	4535	4540	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
81	NC_017736	AG	3	6	4546	4551	50 %	0 %	50 %	0 %	386747025
82	NC_017736	AGT	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747025
83	NC_017736	A	6	6	4960	4965	100 %	0 %	0 %	0 %	386747026
84	NC_017736	TC	4	8	4974	4981	0 %	50 %	0 %	50 %	386747026
85	NC_017736	TAA	2	6	5029	5034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
86	NC_017736	A	7	7	5197	5203	100 %	0 %	0 %	0 %	386747026
87	NC_017736	TTG	2	6	5248	5253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747026
88	NC_017736	AAG	2	6	5254	5259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747026
89	NC_017736	CAA	2	6	5285	5290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747026
90	NC_017736	CAA	2	6	5372	5377	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747026
91	NC_017736	TACT	2	8	5391	5398	25 %	50 %	0 %	25 %	386747026
92	NC_017736	TTA	2	6	5456	5461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747026
93	NC_017736	AAT	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
94	NC_017736	TAA	2	6	5624	5629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
95	NC_017736	A	7	7	5676	5682	100 %	0 %	0 %	0 %	386747026
96	NC_017736	AATTA	2	10	5752	5761	60 %	40 %	0 %	0 %	386747026
97	NC_017736	ATT	2	6	5772	5777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747026
98	NC_017736	AGA	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747026
99	NC_017736	ATG	2	6	5854	5859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747026
100	NC_017736	A	6	6	5896	5901	100 %	0 %	0 %	0 %	386747026
101	NC_017736	AC	3	6	5942	5947	50 %	0 %	0 %	50 %	386747026
102	NC_017736	TTCT	2	8	5999	6006	0 %	75 %	0 %	25 %	386747026
103	NC_017736	GAAT	2	8	6062	6069	50 %	25 %	25 %	0 %	386747026
104	NC_017736	TA	3	6	6070	6075	50 %	50 %	0 %	0 %	386747026
105	NC_017736	A	7	7	6092	6098	100 %	0 %	0 %	0 %	386747026
106	NC_017736	GAG	2	6	6173	6178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386747026
107	NC_017736	CTAA	2	8	6183	6190	50 %	25 %	0 %	25 %	386747026
108	NC_017736	AAG	2	6	6258	6263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747027
109	NC_017736	GCG	2	6	6292	6297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386747027
110	NC_017736	TA	3	6	6315	6320	50 %	50 %	0 %	0 %	386747027
111	NC_017736	ATTTA	2	10	6351	6360	40 %	60 %	0 %	0 %	386747027
112	NC_017736	TGT	2	6	6445	6450	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
113	NC_017736	A	6	6	6460	6465	100 %	0 %	0 %	0 %	386747027
114	NC_017736	GAT	2	6	6468	6473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747027
115	NC_017736	TTA	2	6	6502	6507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747027
116	NC_017736	ACT	2	6	6577	6582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747027
117	NC_017736	T	8	8	6672	6679	0 %	100 %	0 %	0 %	386747027
118	NC_017736	CCT	2	6	6697	6702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386747027
119	NC_017736	ATTTT	2	10	6709	6718	20 %	80 %	0 %	0 %	386747027
120	NC_017736	T	6	6	6780	6785	0 %	100 %	0 %	0 %	386747027
121	NC_017736	TGA	2	6	7030	7035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747027
122	NC_017736	CGTT	2	8	7135	7142	0 %	50 %	25 %	25 %	386747027
123	NC_017736	ATT	2	6	7167	7172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747027
124	NC_017736	TTG	2	6	7278	7283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
125	NC_017736	ACTAC	2	10	7288	7297	40 %	20 %	0 %	40 %	386747027
126	NC_017736	T	7	7	7393	7399	0 %	100 %	0 %	0 %	386747027
127	NC_017736	TTG	2	6	7410	7415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
128	NC_017736	A	7	7	7452	7458	100 %	0 %	0 %	0 %	386747027
129	NC_017736	ATA	2	6	7579	7584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747028
130	NC_017736	T	7	7	7606	7612	0 %	100 %	0 %	0 %	386747028
131	NC_017736	CAA	2	6	7661	7666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747028
132	NC_017736	TAG	2	6	7729	7734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747028
133	NC_017736	CCA	2	6	7779	7784	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386747028
134	NC_017736	GTTAGT	2	12	7788	7799	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386747028
135	NC_017736	GTTA	2	8	7802	7809	25 %	50 %	25 %	0 %	386747028
136	NC_017736	TAG	2	6	7826	7831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747028
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.